Prehistoria y época romana 

Los testimonios arqueológicos que rodean la Villa de San Clemente marcan los inicios de su andadura, tanto en la Edad del Bronce Medio (1500 a 1250 a.C),  con restos en la Morra de Rus y el Cerro del Toril, como en la época Celtibérica (en la que destaca un poblado celtíbero). 
Durante la Época Romana (republicana e imperial) aparece el Puente Romano construido para flanquear el río Rus. Esta obra es un magnífico puente de tres arcos de fábrica de sillar siendo el mejor conservado de todos los puentes romanos de la provincia. También tenemos constancia de un miliario de la vía Segobriga-Carthago Nova que pasaba por la actual Villa. 

De la Época Tardorromana (s.III y IV d.C) se aprecian restos pertenecientes a antiguas villas romanas, el descubrimiento de un fuste de columna visigoda, decorada con motivos geométricos sobre la caliza, nos demuestran también el paso de este pueblo visigodo. Dicho fuste se puede reconocer como parte integrante de un cancel perteneciente a una antigua basílica visigoda.

Época Musulmana y el nacimiento de la villa durante la Reconquista 

Durante el dominio musulmán, cabe destacar los restos que existen en el antiguo asentamiento de Rus, en la zona de la actual ermita.  Corresponden a varios paramentos de mampostería pertenecientes a los muros de una fortaleza rural, y que están derrumbados a los pies del actual torreón-palomar (del s.XIX) y que ,junto a otras fortalezas rurales (Cañavate,Garcimuñoz), sería de gran ayuda para Alarcón durante la resistencia de estos almohades contra las fuerzas de Alfonso VIII.
Posteriormente la Reconquista irá marcando los inicios del actual asentamiento de la Villa. En 1211 Alfonso VIII concederá el privilegio de posesión de la aldea de Rus, recién reconquistada a los almohades, a Pelayo Peláez y compañeros. El primigenio asentamiento cristiano, tras la reconquista, hay que situarlo en el paraje de Rus. 
La fundación del actual asentamiento de la Villa corresponde al hidalgo Clemén Pérez de Rus, que dará nombre al lugar.

A inicios del s.XIV el infante D.Juan Manuel amenazó al rey de Castilla, Fernando IV, que le concedió la propiedad del castillo de Alarcón y villa en 1305. En este periodo cuando San Clemente, con su despoblado de Rus, pasó a ser una aldea perteneciente al Fuero de Alarcón.

El Castillo de Santiago de la Torre, de finales del s.XIII e inicios del s.XIV, demuestra que San Clemente estaba en la órbita de la Orden de Santiago, ya que la jurisdicción del señorío de Alarcón (a la que pertenecía San Clemente) estaba bajo el poder del Maestre de la Orden de Santiago. Además el corregidor de la villa a finales del s.XVII pertenecía a la Orden de Santiago, por lo que la influencia de esta Orden perduró a lo largo del tiempo.

San Clemente durante el reinado de los Reyes Católicos
 
A mediados del s.XV San Clemente es apartada de Alarcón y se incorpora al señorío de D.Juan Pacheco, marqués de Villena. El título de villa fue otorgado a San Clemente por D. Juan Pacheco en 1445 (éste defendió el derecho al trono de “la Beltraneja”, lo que refuerza su enemistad con Doña Isabel “la Católica”)

La Villa de San Clemente pasó a poder de los RRCC, sin lucha cruel y en 1476 eligió incorporarse al cetro de la Corona, Doña Isabel concedió a la Villa la merced de un mercado franco los jueves de cada semana en 1476. En 1488 los RRCC visitan la villa de San Clemente y confirmaron todos sus privilegios.

Siglos XVI y XVII 

Si hubo una época de esplendor en la de San Clemente fue durante los s.XVI y XVII. Durante este periodo la Villa fue cabeza de partido con Corregidor, y en ella residía el Gobernador del marquesado de Villena, que desde aquí gobernaba la provincia y el marquesado (bajo la dependencia de los Austrias). 
La Villa de San Clemente se transformó en una “Pequeña Corte” dentro de la Mancha, en donde se daba toda la estructura social, administrativa, eclesiástica y urbanística que correspondía a la Corte de Valladolid o Madrid, pero a pequeña escala. 
El sabor renacentista de este gran periodo queda reflejado en la mayoría de los edificios, en donde destaca el conjunto urbanístico de la Plaza Mayor, corazón del Conjunto Histórico-Artístico, con los edificios del: Antiguo Ayuntamiento, La Audiencia Real, Posito e Iglesia Parroquial de Santiago Apóstol, de Andrés de Vandelvira, representante del renacimiento manierista español del s.XVI. La mayoría de las Casas-Palacios, iglesias, ermitas y conventos de la villa serán de esta época.

La crisis económica, social y política del s.XVII en España también queda plasmada en la Villa con pestes y hambrunas.

Sin embargo, este fue el gran Siglo de Oro de las Letras siendo la obra del Quijote reflejo de esta sociedad española. En la Segunda parte, capítulos XXIV XXV, con la historia del ermitaño, el Voto a Rus! de Sancho y el encuentro en la Venta con maese Pedro el Tirititero y su mono adivino, donde la Villa de San Clemente hace acto de presencia en el Quijote a través de la ermita de Rus. 

Guerra de Sucesión y reinado de los Borbones 

Durante la Guerra de Sucesión (1700-1714) San Clemente fue un lugar estratégico dentro del escenario bélico de esta guerra. En esta Villa estuvo asentado el cuartel general del duque Berwick (aliado del archiduque Carlos de Austria, que luchaban contra Felipe de Borbón de Francia).
La victoria final fue para Felipe V, quien concedió a San Clemente por su lealtad demostrada durante la guerra el título de Muy Noble, Muy Leal y Fidelísima Villa.

Con la nueva dinastía de los Borbones se inicia en el s.XVIII una recuperación económica, debida a un cambio de estructura administrativa, militar y económica propulsada por Felipe V, y en donde la centralización estatal, a través del funcionariado, ministerio y Decretos de Nueva Planta, era la pieza clave del nuevo sistema, que controlaba toda la administración de la Corona desde la base local, valiéndose para ello de figuras administrativas como corregidores ,regidores ,síndicos del pregonero…
En el año 1753 existían en San Clemente un Corregidor y veinte Regidores, todos caballeros conocidos de la Villa. Este nuevo cambio estructural hará surgir en San Clemente una nueva y fuerte hidalguía

En 1766 con el Motín de Esquilache, tras el cual estaba la mano del marqués de la Ensenada y de los Jesuitas (quienes no apoyaban la política de Carlos III), se produjo la expulsión de los Jesuitas y la desamortización de sus posesiones por parte del monarca. La Real Iglesia y los terrenos adyacentes a ésta pertenecientes a los jesuitas en San Clemente fueron desamortizados a favor de la corona de Carlos III, quien deja constancia de ello construyendo una portada con escudo de la Casa de Borbón y leyenda, para así hacer alusión al acto de toma de posesión de los antiguos dominios de los jesuitas en la Villa de San Clemente

Durante este s.XVIII aparecen en la Villa nuevas nobles familias con un gran peso económico, que adquirirán grandes posesiones y latifundios, quienes construyeron unas enormes casas- palacios con la influencia de estilo del último barroco del s.XVIII, ya claramente enlazando con la línea más rococó y neoclásica, y siempre bajo el sobrio estilo castellano-manchego de sus patios interiores. Algunos de los personajes de estas nuevas familias nobiliarias fueron Diputados provinciales y Diputados en Cortes durante el s.XIX.

Guerra de la Independencia y reinado de Isabel II 

San Clemente, como en otros muchos lugares de la Península, sufrió la Guerra de la Independencia(1808-1814), y de este momento bélico hay que destacar la figura de Bibiano Hellín, (héroe en la guerra de la Independencia y liberal convencido con la fórmula de la Constitución de 1812).

Durante el Trienio Liberal San Clemente fue Cabeza de Partido Constitucional de toda la comarca.

Otro personaje interesante de este s.XIX es Sor Patrocinio de “Las Llagas” (consejera “espiritual” de la reina Isabel II y persona influyente en las decisiones políticas de la reina)

El progreso económico e industrial de la era del ferrocarril en España, y el consecuente avance para las ciudades por donde éste pasaba, no afectó a San Clemente, que dejó pasar la oportunidad, debido a la negativa de las altas clases estamentarias de la villa (nobleza,iglesia,funcionarios..) ya que veían en el ferrocarril una revolución social que igualaría más a las clases sociales.

A partir de ese momento, mediados del s.XIX, la villa renacentista entro en el sueño romántico del aislamiento de un pueblo del interior de La Mancha, mientras el Levante y el Norte de España progresaba industrialmente.